27 апреля 1946 года приказом МВД СССР № 366 в составе Управления войск МВД СССР по охране особо важных предприятий промышленности и железных дорог было создано специальное отделение. Его задачей стала организация войсковой охраны важнейших научно-исследовательских институтов и лабораторий Академии наук СССР, занимавшихся исследованиями в области атомной энергетики.
Первым специальным подразделением в составе внутренних войск стала комендатура по охране Лаборатории измерительных приборов № 2 Академии наук СССР, впоследствии преобразованной в Институт атомной энергии имени И.В. Курчатова (ныне — Российский научный центр «Курчатовский институт»). Внутренние войска также приступили к охране специальных объектов в Семипалатинске, Якутии, Краснярском крае и других регионах мест проведения специальных работ. Гарнизоны назначались на Семипалатинский испытательный полигон, в поселок Мирный (Якутия), а также в районы «Хараболи» (Прикаспийская низменность), «Печора» (Коми АССР), «Подкаменная Тунгуска» (Красноярский край) и другие районы геолого-разведывательных изысканий.
К концу 1946 года количество специальных подразделений достигло 15 комендатур, на базе которых с 1947 года началось формирование отдельных батальонов и полков. По мере ввода в строй новых объектов численность специальных частей росла. От охраны отдельных лабораторий и заводов войска перешли к охране закрытых городов, где концентрировался научный и инженерно-конструкторский потенциал страны. Первым таким городом стал Челябинск-40 (ныне город Озерск), принятый под охрану в сентябре 1947
года.
В 1963 году специальные части приступили к охране полигонов на Новой Земле и вблизи Семипалатинска при испытаниях ядерных устройств. Развитие мирного атома привело к созданию атомных электростанций и необходимости их охраны. В том же 1963 году внутренние войска приняли под охрану первую промышленную АЭС — Белоярскую, что ознаменовало новый этап в развитии спецчастей.
Постановлением Совета Министров СССР от 11 января 1978 года на внутренние войска МВД СССР была возложена задача охраны и обороны искусственных сооружений на железных дорогах Восточной Сибири и Дальнего Востока. Во исполнение этого решения были сформированы две дивизии внутренних войск: части 103-й дивизии охраняли мосты и тоннели на Забайкальской и Дальневосточной железных дорогах, части 104-й дивизии — на Байкало-Амурской магистрали. Для охраны мостов со стороны акватории и
противодиверсионной борьбы в частях были созданы группы водолазов и команды сторожевых катеров, приступившие к несению службы в начале 1980-х годов.
Серьезным испытанием для специальных частей стало участие в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС в 1986 году. Охрана станции в зоне проведения работ осуществлялась сменными подразделениями, формировавшимися на добровольной основе из военнослужащих специальных комендатур, мотострелковых и специальных частей.
В 1990-е годы возникновение новых внутренних угроз потребовало усиления антитеррористической устойчивости охраняемых ядерно-опасных объектов и
специальных грузов при транспортировке. Наибольшее количество объектов, подлежащих войсковой охране, было сосредоточено в промышленно развитых регионах страны. Соединения и воинские части дислоцировались в 87 городах и населенных пунктах 41 субъекта Российской Федерации.
С самого начала проведения специальной военной операции к выполнению служебно-боевых задач приступили батальонные тактические группы, сформированные из состава соединений и воинских частей по охране важных государственных объектов и специальных грузов. Основными задачами стали: охрана и оборона Запорожской атомной станции, обеспечение безопасности объектов транспортной инфраструктуры на альтернативном маршруте в объезд Крымского моста, усиление охраны объектов топливно-энергетического
комплекса.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении задач в зоне специальной военной операции, более 1000 военнослужащих соединений и воинских частей по охране важных государственных объектов и специальных грузов награждены государственными наградами, ведомственными наградами отмечены более 4300 военнослужащих.
